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考古研究所成立于1950年8月1日，是中国科学院建院伊始组建的研究所之一，后属中国科学院哲学社会科学部，1977年改属中国社会科学院。基本任务是，在马克思主义的指导下，以田野考古为基础，应用包括自然科学技术手段在内的各种方法，并结合古代文献，揭示史前及各历史时期不同类型文化遗存的内涵、特征、性质及其相互关系，进而对古代的政治、经济、文化、社会进行全方位的考古学研究，探讨古代社会发展演变的进程和规律。同时，开展对古代文化遗产的保护研究。历任所长为郑振铎(1950年)、尹达(1959年)、夏鼐(1962年)、王仲殊(1982年)、徐苹芳(1988年)、任式楠(1992年)、刘庆柱(1998年)、王巍(2006年)。

建所之初的研究人员，主要是原中央研究院历史语言研究所和原北平研究院史学研究所的一部分成员，以及新增加的几位年轻学者。至1958年发展至300余人，1985年为200余人。现有人员158人，其中研究员43人，副研究员41人; 39人有博士学位，38人有硕士学位。

60年来，考古研究所先后在全国31个省、直辖市、自治区及香港和澳门特别行政区的200多个市、县开展田野考古工作。1977年以前，为开拓新中国的考古事业，建立中国考古学学科体系，承担着全国各地的学术性考古发掘与研究任务，发掘了陕西西安半坡、河南陕县庙底沟、湖北京山屈家岭、青海乐都柳湾、河南偃师二里头、河南安阳殷墟、陕西扶风与岐山周原、陕西西安丰镐、河南洛阳东周城、陕西西安汉长安城、河北满城汉墓、河北临漳曹魏邺城、河南洛阳汉魏故城、陕西西安隋大兴唐长安城、河南隋唐洛阳城、江苏唐宋扬州城、北京元大都、内蒙古巴林左旗辽祖陵陵园、北京明定陵等一大批能够充分说明距今7000年至元明时期历史文化面貌的重要遗址及陵墓。同时还为各地培养了大批考古发掘、研究人员，曾与中央文化部共同支持北京大学历史系创办考古专业，又于1952～1955年与文化部、北京大学联合举办了4期全国考古工作人员训练班，培训考古工作人员369人。

1977年以来，围绕旧石器时代向新石器时代过渡、农业起源与发展、中国史前史的研究、中国文明的起源与发展、夏商周三代历史与文化、中国古代城市的发展、中国封建帝国的形成与发展特点、中国古代手工业的产生与发展、以及中外古代文化交流等，开展了一系列的田野工作，在大规模的考古调查的基础上，选择近200处涉及中国历史重大课题的大遗址和都城址，以及大型墓葬与王陵，进行持续的大规模发掘，填补了许多研究空白。历年来取得的丰富收获在已经建立的中国考古学学科体系中居于显著位置。1994年以来，还先后与美国、加拿大、日本、韩国、德国、英国、瑞典、法国、俄罗斯、澳大利亚等国家的考古研究部门和高校合作开展中国田野考古工作。2000、2002年又派遣考古发掘队前往德国、俄罗斯等国家参加田野考古工作。与20多个国家的学术机构开展学术交流，接待外国学者来访千余人次，派出百余人次赴国外讲学、考察。用发掘出土的反映各个历史时期文化特征、工艺技术与科学水平的精美文物，支援国家博物馆及有关地方博物馆的基本陈列，参加我国在欧、美、日本举办的大型文物展览;并以本所的发掘研究成果，先后在日本单独举办了“中国王朝的诞生展”、“兴盛的汉王朝文物展”、“遣唐史所见中国文化展”等专题文物展览。

在夏鼐的倡导与影响下，考古研究所历来注重自然科学技术在考古学中的应用、图书资料基础建设和学术刊物与专刊的编辑出版。1959年建立中国第一个碳十四年代测定实验室，20世纪60年代初建立中国考古文博界第一个常量分析化学实验室，目前在中国科技考古领域中已具备较为雄厚的技术力量、较先进的仪器设备、较全面的研究手段和较强的研究能力，整体实力处于全国领先地位;1995年组建考古科技实验研究中心，又开拓了许多新的研究领域。所藏各种图书24万册，形成我国考古学图书品类齐全的考古学文献资料中心。主办的《考古学报》、《考古》等期刊，在学术界享有很高的声誉。自2000年创办的《中国考古学》(英文版)是我国目前唯一的一种英文考古杂志。编辑出版各种专刊近200种，其中近百种是本所的研究成果，数十种科研成果获国家级或省部级优秀科研成果奖。

考古研究所正在致力于充分发挥其作为中国考古学的学术研究中心、科技考古实验研究中心、考古资料信息中心、中国考古学对外学术交流中心的作用，努力建设成为学科门类齐全、研究领域广阔、研究手段先进、学术成果丰硕、学术人才众多的国际著名的考古学研究机构。

考古研究所现在下设的业务机构有：史前考古研究室、夏商周考古研究室、汉唐考古研究室、边疆民族考古研究室、考古科技实验研究中心、文化遗产保护研究中心、考古资料信息中心、考古杂志社。另在西安设有研究室，在洛阳和安阳设有工作站。主管的非实体研究中心有中国社会科学院古代文明研究中心、边疆考古研究中心、外国考古研究中心、公共考古中心等，挂靠的学术团体有中国考古学会。