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自1952年全国高校院系调整后，东南大学就开始招收研究生，20世纪50年代后期至60年代初期共招收研究生117人，1978年恢复招收研究生。1981年实施学位条例后，首批获学士、硕士、博士学位授予权;首批建有博士后流动站的单位;首批进入国家“985工程”和“211工程”;是自行审批博士和硕士学位授予权、自行审定增列博士生指导教师的试点单位;首批获准招收和培养工程硕士生;首批获准开展工程博士专业学位授予工作。1986年4月经国务院批准试办研究生院，1996年3月经国家教委批准，正式建立研究生院。东南大学与国内许多重点高校一样，已成为我国研究生教育与培养的一个重要基地。

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东南大学现有专任教师2700余人，具有博士学位的教师2222人，占教师总数的比例为80.3%，正、副高级职称1900余人，博士生指导教师833人，硕士生指导教师1875人，两院院士13人，国务院学位委员第七届学科评议组成员13人，入选国家“万人计划”专家16人，入选国家“千人计划”专家43人，“长江学者奖励计划”特聘教授、讲座教授43人，长江学者青年项目5人，国家级教学名师奖获得者5人，“万人计划”教学名师3人,国家杰出青年科学基金获得者43人。30个博士学位授权一级学科点，49个硕士学位授权一级学科点，覆盖了13个学科门类中的哲学、经济学、法学、教育学、文学、理学、工学、医学、管理学、艺术学等10个门类。截至2016年6月，已授予博士学位6219名，硕士学位50158名。