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南京医科大学研究生院，南京医科大学研究生教育历史可追溯到解放前。1929年，国民党南京政府公布了《大学组织法》和《大学规程》，规定了高等教育机关分为大学、独立学院、专科学校和研究院(所)，并指出，大学研究院(所)的任务是招收大学毕业生研究高深学术，各研究生研究期限暂定为至少3年。1935年，国民党政府公布了《学位授予法》、同年教育部颁布了《学位分级细则》、《硕士学位考试细则》，1940年教育部又颁发了《博士学位评定会组织法》和《博士学位考试细则》，这个时期研究生教育有了立法程序，有了一套比较完整的制度。我校于1942年7月奉令成立医科研究所寄生虫学部，由部聘教授洪式闾博士兼主任。至1947年5月奉指令，改组为国立江苏医学院寄生虫学研究所。1942年12月本所招收第一届研究生兼助教赵慰先一名，1943年8月招收第二届研究生王培信、王毓楹二名。并于1945年8月及1946年1月由研究生王培信及赵慰先提出硕士论文各一篇，参与硕士考试及格，经部复核审查通过授予硕士学位。

在解放前，由于旧中国的教育和科技落后，只有少数学校招收过为数不多的研究生。据统计从1935年至1949年全国授予硕士学位人数才200多人，没有授予过博士学位。

新中国成立以后，我国从1950年开始招收研究生。1953年11月27日，高等教育部发布了《高等学校培养研究生暂行办法(草案)》，明确规定：“……师资条件较好的高等学校应担负培养研究生的任务，其目的为培养高等学校师资和科学研究人才”。1961年9月，中共中央印发了《中华人民共和国教育部直属高等学校暂行工作条例(草案)》，对我国研究生教育作了具体规定和要求。1963年，教育部在北京召开了研究生工作会议，会议通过了《高等学校培养研究生工作暂行条例(草案)》、《关于高等学校制定理工农医各专业培养方案的几项规定(草案)》、《关于高等学校培养研究生学籍处理的几项规定》等文件，从此我国高等学校、科研机构研究生工作逐步走上轨道，到1965年，我国培养研究生的高等学校有134所，科研机构100个，在校研究生人数为4546人，毕业研究生15942人。在此期间，我校共培养研究生14人。1966年，由于发生了“文化大革命”，通过研究生入学考试的研究生没能入学，我校共有4人。