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南方医院创建于1941年，2004年8月随第一军医大学整体移交广东省，是南方医科大学(原第一军医大学)第一附属医院、第一临床医学院，是一所集医疗、教学、科研和预防保健为一体的大型综合性三级甲等医院，全国首批百佳医院。

医院展开床位2225张，医疗设备总值达11亿元。医院共设置专业学科52个，临床医学一级学科是博士学位授权点和博士后科研流动站，内科学(消化系病)为国家重点学科，外科学(骨外)为国家重点培育学科，消化内科、妇科、产科、骨科、检验医学科、病理科、血液内科、神经外科、口腔科、肾内科、普通外科、肿瘤科、感染内科、整形外科为国家临床重点专科建设项目;拥有4个广东省重点学科，30个广东省临床重点专科。拥有器官衰竭防治国家重点实验室和慢性肾病国家临床医学研究中心。医院还在全国率先成立了“健康管理示范基地”、“李可中医药学术流派传承基地”和“古中医疑难杂症治疗中心”，建成了广东省肾脏病研究所。

医院现有专业技术人员3500多名，其中高级专业技术人员近600名，博士研究生导师93名，硕士生导师125人。担任全国、全省学术机构各专业委员会主委、副主委职务人员近200人次，其中包括中国科学院院士1名、国家“千人计划”创新人才1名、国家“973”计划项目首席科学家1名、国家杰出青年基金获得者2名、“新世纪百千万人才工程”国家级人选3名，卫生部“有突出贡献中青年专家”2名等。

医院形成了消化病诊治、肾病诊治、肝炎诊治、围产医学、肿瘤综合诊治、创伤救治、显微神经外科和组织器官移植等八大临床优势领域以及干细胞治疗、微创腔镜诊疗、介入诊疗技术和急危重症救治等四大特色医疗技术平台。

医院是全国首批八年制医学教育培养单位、国家药物临床试验机构、卫生部首批专科医师培训基地、临床药师培训基地和人类辅助生殖技术培训基地，拥有国家精品课程1门、国家级特色专业3个。